Исследованы функциональные   особенности реализации защитных реакций хлопчатника к наиболее опасным заболеваниям - вертициллезному и фузариозному вилту, гоммозу и корневой гнили. Эффективность реакции сверхчувствительности инфицированных фитопатогенами тканей хлопчатника контролировали методами наблюдения за продвижением и величиной зоны флуоресцирующих веществ и определения количества в них токсических для возбудителей болезней соединений – фитоалексинов. Инфицированние хлопчатника V. dahliae и F. oxysporum уже в первые дни инкубации приводило к ярко-голубой флуоресценции, которая распространялась вверх по направлению к точке роста опытных растений, а у хлопчатника, зараженного X. мalvacearum и R. solani окраска флуоресцирующих зон имела менее интенсивный характер и скорость распространения по тканям растений, особенно на начальных стадиях латентного периода. Кроме того, содержание постинфекционных ингибиторов в тканях ксилемных сосудов хлопчатника, инфицированного гоммозом и корневой гнилью, фиксировалось на значительно меньшем уровне по сравнению с опытными растениями, зараженными фузариозным и вертициллезным вилтом. На 20 день инкубации отмечено значительное повышение общего содержания фитоалексинов у опытных растений хлопчатника, зараженных корневой гнилью и гоммозом, однако количество основного фитоалексина – изогемигоссипола в тканях этих растений достигало лишь 50% величины от уровня образцов, зараженных фузариозным и вертициллезным вилтом. Полученные результаты свидетельствуют о возможности применения метода определения количественного содержания фитоалексинов на начальных этапах инкубационного периода в зараженных тканях растений для ранней диагностики вилтоустойчивости хлопчатника.